Notre système immunitaire est éduqué pour rejeter tout ce qui est différent de nous. Un donneur s'il est compatible est malgré tout différent du patient (sauf les "vrais" jumeaux). Afin que le système immunitaire du patient ne rejette pas le greffon, il est nécessaire de réaliser un traitement avant la greffe. Ce traitement a pour objectif d'empêcher le système immunitaire du patient de rejeter le greffon : on l'appelle « conditionnement ».

Le conditionnement est constitué de chimiothérapie (Cyclophosphamide, Fludarabine notamment), d'anticorps détruisant les lymphocytes (sérum anti lymphocytaire ou alemtuzumab, cf infra) et parfois de radiothérapie (qui détruit aussi les lymphocytes). Il existe plusieurs types de conditionnements pour les patients atteints d'aplasie médullaire.

Le choix du type de conditionnement dépend de la maladie (aplasie idiopathique ou génétique), de l'âge du patient et du type de donneur. Dans certaines maladies (Anémie de Fanconi et Dyskératose congénitale en particulier) ce conditionnement est adapté à la fragilité particulière des tissus du patient.

La durée du conditionnement varie entre 5 et 7 jours le plus souvent.

Les principaux effets secondaires du conditionnement sont :

- la baisse de toutes les cellules du sang (globules rouges, globules blancs, plaquettes) qui peuvent nécessiter des transfusions, des anti-infectieux par voie intraveineuse,

- la mucite (inflammation de la bouche, de la gorge, des muqueuses du tube digestif) qui peut nécessiter des traitements puissants contre la douleur (morphine) et une alimentation par voie intraveineuse ou par sonde gastrique,

- les nausées et vomissements qui sont prévenus par de nombreux traitements,

- la chute des cheveux,

- une baisse de l'immunité qui expose à des risques d'infections par des bactéries mais aussi des virus et des champignons (qui sont activement surveillées et traitées si besoin),

- une diminution de la fertilité est observée après certains conditionnements (ce problème sera discuté avec le médecin avant la greffe si cela vous concerne).